1945年日军投降投降仪式在南京举行。程慈航(乔振宇 饰)身负血海深仇回到故土，他知道几年前杀害心上人小玉的凶手中田(任大为 饰)等人必定在南京城内。火车站，各路人马暗流涌动，程慈航看到了拎着神秘箱子的小野(乔波波 饰)，不顾一切地追了上去。此时，警察厅长莫采石(巫刚 饰)下令一定要抢到那只神秘的箱子，对任何阻拦者均格杀勿论。就在程慈航快要制服小野时，警察欧阳倩(安以轩 饰)和关天平(司源 饰)(司源 饰)赶到，小野逃跑，箱子被一双神秘的手拿走。程慈航被当作外国间谍压上卡车，带到郊外准备处死。欧阳倩觉得程慈航似乎不是奔着箱子而去，而是拿着箱子的日本人。欧阳倩等人去郊外寻找程慈航，恰巧遇到成功脱逃正在林中喝水的程慈航。程慈航被带上警车，他很好奇为何欧阳倩和小玉长得如此之像。莫采石将火车站众人争夺的箱子存进中央博物院的青铜馆，告诉青铜馆的肖主任，此乃关于日军生物武器的绝密资料，现命名为五九档案。程慈航说自己是莫采石的侄子，无人相信。在狱中，程慈航听到了一桩离奇的车夫杀人案。飞贼许老二和徒弟断指收到情报，连夜去青铜馆顺利盗走五九档案。警察署署长霍然(屈刚 饰)召集所有警力全力以赴寻找。霍然忽然想起了一个破案高手--程慈航。
